Workshop The Gruber-Soedigdo Lecture 2006
Oleh Krisna Murti
Editor Krisna Murti
Kamis (22/6) kemarin menjadi hari terakhir acara The Gruber-Soedigdo Lecture 2006. Acara ini ditutup dengan workshop 鈥淐arbohydrate Acting Enzymes:Structure, Modelling, and Application鈥 yang pada sesi terakhir hari itu mengambil topik 鈥淭hermal Denaturation of Chimotrypsin Inhibitor鈥. Dr. Rukman Hertadi dari Kelompok Keahlian (KK) Biokimia Prodi Kimia 麻豆直播 menjadi instruktur pada sesi tersebut. Beliau menuntun para peserta menggunakan software Visual Molecular Dynamics (VMD) 1.84 dan Nanoscale Molecular Dynamics (NAMD) 2.6 dalam membuat model representatif proses pendenaturasian protein oleh suhu.
Pergerakan molekuler dalam hitungan waktu nanosekon ataupun pikosekon seringkali menyulitkan pengamatan terhadap suatu proses yang terjadi pada molekul tertentu. Simulasi pergerakan molekul/molecular dynamics (MD) telah menjadi alat yang cukup ampuh dalam mengamati pergerakan molekul yang amat cepat. Didasarkan pada hukum fisika Newton, kita mampu mengeksplorasi berbagai dinamika yang menarik pada molekul di tingkat atomik dengan simulasi MD ini.
Workshop 鈥淭hermal Denaturation of Chimotrypsin Inhibitor鈥 ini mengenalkan dan memberikan peserta kemampuan dasar penguasaan perangkat lunak simulasi MD seperti VMD dan NAMD yang bersifat open source bagi penggunaan bertujuan akademik. 鈥淪ebagian besar peserta workshop ini bukan civitas 麻豆直播. Di prodi kami pengetahuan tentang perangkat-perangkat lunak tersebut sudah mahasiswa dapatkan dalam matakuliah 鈥淜omputasi Kimia鈥.鈥, jelas Dr. Rukman Hertadi. 鈥淪imulasi ini sangat berguna, apalagi dalam bidang farmasi. Dengan perangkat lunak simulasi pergerakan molekul semacam ini kita bisa meningkatkan efisiensi waktu dalam pencarian senyawa sebagai obat baru.鈥, lanjutnya. 鈥淒alam penggunaan umum, perangkat lunak simulasi MD ini selain digunakan untuk mempelajari Kimia Lanjutan, juga mengubah paradigma yang mengatakan bahwa penelitian molekuler sangat mahal. Kini dengan pengembangan berbagai perangkat lunak simulasi MD ini, kita dapat mengadakan penelitian tentang perilaku molekul tanpa dana besar.鈥
Workshop The Gruber-Soedigdo ini sendiri dilaksanakan selama dua hari pada tanggal 21-22 juni 2006 di Prodi Kimia dan Basic Science Center (BSC) A 麻豆直播. Workshop ini merupakan kelanjutan dari acara seminar yang telah diselenggarakan sebelumnya (20/6). The Gruber-Soedigdo Lecture 2006 sendiri merupakan acara yang diinisiasi oleh Universitas Groningen-Belanda sebagai dedikasi kepada Prof. Max Gruber dan muridnya, Prof. Soedigdo. 鈥淒iharapkan acara ini akan dapat terselenggara tiap tahun鈥, ungkap Dr. Rukman Hertadi.
(astriddita)




